Es uno de los nueve Comandos Unificados con los que las Fuerzas Armadas de los Estados Unidos ejercen el control sobre cada rincón del planeta. Según su propia memoria histórica (www.southcom.mil/pa/Facts/History.htm), el Comando Sur se originó en el primer desembarco de infantes de marina en Panamá, hace 99 años, para brindar seguridad a quienes construyeron el canal en el itsmo arrebatado por los Estados Unidos a Colombia. El presidente Theodore Roosevelt designó a un ingeniero militar como jefe del proyecto. Antes, un coronel médico se encargó de erradicar la fiebre amarilla y la malaria. En 1914 el canal se abrió al comercio y los marines partieron a México para combatir contra Pancho Villa. Su Area de Responsabilidad cubre 19 países de Centro y Sud América y 13 del Caribe, más 14 territorios en poder de Estados Unidos y países de Europa. En 1997 su cuartel general se mudó de Panamá a Miami, en los Estados Unidos, como parte del tratado por el cual el canal volvió a poder de Panamá. Como el resto de los Comandos Unificados, tiene dos misiones principales: “Defender los intereses de los Estados Unidos dentro de su área de responsabilidad y ayudar al desarrollo de Fuerzas Armadas modernas en naciones amigas”.
En ese área sus 3.000 hombres permanentes desarrollan “tareas de empeño en el teatro de operaciones y de lucha contra las drogas”. Sus fuerzas apoyan a las de los países aliados de Estados Unidos en operaciones antinarcóticos, ejercicios bilaterales y multilaterales, entrenamiento médico y de ingeniería, operaciones de búsqueda y rescate y de asistencia en desastres, de puesto de comando, asistencia en seguridad, visitas e intercambio de personal, conferencias y contactos entre Fuerzas Armadas.
Hasta 1995, sus ejercitaciones fueron bilaterales, en escenarios de combate convencionales. Desde entonces, pasaron a ser multilaterales, con acento en las “misiones de conservación de la paz, asistencia humanitaria, lucha contra el narcotráfico, y otras propias de la posguerra fría”. Esto indica que los ejercicios con la Gendarmería argentina se apartan de la norma actual. Es la matriz de donde surgen las doctrinas militares que luego se exportan a las Fuerzas Armadas de la región, como la de la Seguridad Nacional que hace tres décadas enlutó a la región o la de las Nuevas Amenazas. Sin pudor, la página institucional del Comando Sur admite que “dada la importancia de las instituciones militares en las sociedades de Latinoamérica y el Caribe, las relaciones con sus Fuerzas Armadas son esenciales para lograr los objetivos de seguridad nacional de los Estados Unidos”. A diferencia de la doctrina que rigió durante las décadas de 1960 y 1970, en la actualidad el Comando Sur declara alentar el control civil de las Fuerzas Armadas y el respeto por los derechos humanos y el estado de derecho. Fue el primero de los Comandos Unificados que creó una Oficina de Derechos Humanos.
El Comando Sur participa de la Estrategia Nacional (Estadounidense) de Control de Drogas, mediante la capacitación y el apoyo operativo, equipamiento, asesoramiento técnico y mantenimiento a los organismos especializados de distintos países y a las agencias estadounidenses respectivas, como la DEA, el ministerio de Justicia y la Aduana. “Las Fuerzas Armadas de los Estados Unidos no son la agencia principal en el esfuerzo antinarcóticos en la región, ni están autorizadas a participar en forma directa en operaciones.”