El Consejo de la Magistratura y el Jurado de Enjuiciamiento no escaparon a las propuestas de reforma que hizo el Gobierno en el área de Justicia. Para el primer organismo, el proyecto incluye reducir su composición de 20 a 12 miembros. Los representantes del Senado y Diputados que lo integren, además, deberán ser juristas y pasar por un procedimiento de consulta y publicidad previa a su designación, al igual que el representante del Poder Ejecutivo. El presidente de la Corte Suprema dejará de formar parte del Consejo, que elegirá a su titular entre sus miembros. También se reglamentarán los plazos previstos para la remoción y designación de los jueces y se jerarquizará la escuela judicial. Para agilizar la cobertura de los puestos, se podrán abrir concursos y aprobar ternas antes de que se produzcan las vacantes que pudieran surgir. A los aspirantes a jueces se les exigirá una calificación mínima en las pruebas de oposición para poder integrar las ternas.
El Jurado de Enjuiciamiento, por su parte, dejará de ser un órgano único y permanente. En cambio, se constituirá un jurado para cada caso y los miembros lo serán para esa ocasión específica. En el procedimiento, se reduciría de 30 a 15 días el plazo máximo para que el acusado y el representante del Consejo de la Magistratura presenten su informe final luego de producida la prueba. Luego, el Jurado debería resolver en un plazo no superior a los veinte días.