La causa por la desaparición del militante Gastón Gonçalves en abril de 1976, con quien Patti había tenido una fuerte discusión (ver nota central) no es la única en la que ha estado involucrado el subcomisario retirado de la Bonaerense, aunque en una, por el asesinato de dos militantes, fue absuelto y otra prescribió, aunque la acusación de aplicación de tormentos había sido probada.
Patti está bajo proceso desde 2003 en la causa por los crímenes del ex Batallón 601 del Ejército, por haber ayudado al entonces prófugo teniente coronel (R) Jorge Granada, quien había sido acusado junto con el coronel (R) Jorge Luis Arias Duval por la desaparición y muerte de militantes que habían participado en la contraofensiva de Montoneros en 1980. El juez federal Claudio Bonadío descubrió que le hizo llegar dinero a Granada cuando era requerido por la Justicia. Patti reconoció su amistad con Granada, pero aseguró que no sabía que estaba prófugo cuando lo ayudó. Sin embargo, el tribunal pudo demostrar lo contrario, porque tenía grabada una conversación telefónica en la que Granada le dice a Patti: “Se me está acortando el tiempo. Estoy pensando en entregarme”. Sin más argumentos, Patti respondió en forma despectiva sobre la temática de los derechos humanos: “Los problemas de la gente no se solucionan por estar en estas pavadas”, dijo. La Cámara Federal confirmó su procesamiento, pero Patti quedó en libertad mientras dura el proceso, porque la pena máxima para el encubrimiento es de tres años. De todos modos, quedó en evidencia la relación de Patti con altos jefes militares del Batallón de Inteligencia 601 durante la dictadura.
Otra de las causas lo involucró en el secuestro y asesinato de Osvaldo Cambiasso y Eduardo Pereyra Rossi en 1983. Ambos fueron secuestrados ante testigos en el bar Magnum de Rosario y acribillados horas después en Zárate por Patti. La dictadura explicó que había sido un enfrentamiento, pero el peritaje estableció que antes de la muerte habían sido golpeados, picaneados y atados con cuerdas que dejaron su marca en la piel y que los disparos mortales fueron a quemarropa. Pero el juez no consideró probada la relación entre el secuestro y la muerte de Cambiasso y Pereyra Rossi y Patti fue sobreseído en un fallo muy polémico que fue confirmado por la Cámara II de Apelaciones de San Nicolás, pese a que nunca se explicó la forma en que los dos militantes se toparon con Patti, en Escobar, después de haber sido secuestrados y torturados en Rosario.
En 1990 Patti fue detenido por las torturas aplicadas a dos detenidos acusados de robo: Mario Bársola y Miguel Guerrero. Los peritajes probaron el paso de electricidad y el juez Raúl Borrino lo procesó. En esta ocasión, Patti debió lidiar con un juez que no le era muy favorable. Entonces un grupo de simpatizantes irrumpió en el juzgado de Borrino y finalmente la Cámara apartó al juez de la causa. Raúl Casal, el que lo reemplazó, liberó a Patti por razones formales, sin negar la veracidad de los hechos. Y el juez que sucedió a Casal, Juan Carlos Tarsia, consideró probado que los detenidos habían sido sometidos a tormentos. Como el tiempo pasó sin que se tomaran medidas procesales, Patti fue absuelto, por prescripción del delito.