Los imputados que hasta ahora figuran en la causa en la que se investiga el Plan Cóndor son:
Argentinos
- Jorge Rafael Videla: dictador.
- Carlos Guillermo Suárez Mason: ex comandante del primer Cuerpo del Ejército.
- Eduardo Albano Harguindeguy: ex ministro de Interior.
Chilenos
- Augusto Pinochet Ugarte: dictador.
- Manuel Contreras: ex jefe de la Dirección Nacional de Inteligencia de Chile (DINA).
- Coronel Pedro Espinoza: ex alto funcionario de la DINA.
Paraguayos
- Alfredo Stroessner: general de División, dictador de Paraguay.
- Francisco Brites: general. Jefe de la policía de Paraguay.
- Pastor Milcíades Coronel: ex jefe del Departamento de Investigaciones de la Policía de Asunción.
- Benito Guanes: coronel, ex jefe del Servicio de Inteligencia militar de Paraguay.
Uruguayos
- Julio Vadora: ex comandante en jefe del Ejército de Uruguay.
- Coronel Guillermo Ramírez, los mayores José Nino Gavazzo, Manuel Cordero y Enrique Martínez y los capitanes Jorge Silveira y Hugo Campos Hermida.