La profanación de la tumba de Juan Domingo Perón es uno de los enigmas mayores, y más siniestros, de la historia argentina reciente. Fue descubierta en junio de 1987. Según las pericias judiciales, unas doce personas habrían participado en la operación, que consistió en cercenar las manos del cadáver, luego de romper un vidrio blindado de 170 kilos.
El 6 de julio de 1987, más de 50 mil personas se reunieron en un acto de desagravio que fue convocado por el Partido Justicialista y la CGT y se efectuó en la Avenida 9 de Julio.
El primer juez de la causa, Jaime Far Suau, falleció en un sospechoso accidente automovilístico en 1988. En 1991, el juez Carlos María Andina Allende decidió un sobreseimiento provisional. En 1994, Alberto Baños, titular del Juzgado de Instrucción Nº 27, reabrió la causa, en la que hasta ahora no hay ninguna persona procesada. Las posibles motivaciones económicas del atentado quedaron borroneadas cuando nadie se presentó a cobrar el rescate que se había exigido. Además, objetos de valor en la bóveda fueron desestimados por los profanadores.
Luego del hecho se registraron cuatro muertes sospechosas: la del sereno nocturno de la bóveda; la de una militante peronista que iba habitualmente al cementerio y era amiga de los cuidadores; y, para algunos, la del propio juez Far Suau en su auto.
El cadáver continúa en la bóveda familiar del cementerio de Chacarita, donde reposan también el padre y el abuelo de Juan Domingo Perón.