La concesión de Aguas Argentinas contempló irregularidades e incumplimientos desde su inicio. A pesar de que el contrato prohibía cualquier tipo de revisión tarifaria tendiente a reducir el riesgo empresario o compensar imprevisiones del concesionario, la compañía logró aumentar la tarifa 13,5 por ciento apenas ocho meses después de iniciada la concesión argumentando pérdidas operativas por el mal funcionamiento de la red y el estado deficiente del padrón de usuarios. Pese a haberse atrasado en el cumplimiento de las metas comprometidas, en noviembre de 1997 logró renegociar el contrato una vez más. Entonces, se dolarizó la tarifa y se implementó una revisión tarifaria anual. Luego siguieron varias renegociaciones más con incrementos tarifarios incluidos. Entre 1993 y 2001, según datos de Flacso, las tarifas residenciales se incrementaron un 88 por ciento, lo que le permitió a la compañía obtener una rentabilidad promedio del 15,4 por ciento con relación al patrimonio.Las inversiones fueron siempre una asignatura pendiente para la compañía. Según estimaciones recientes del Etoss hasta el 31 de diciembre de 2003 Aguas invirtió 1081 millones de pesos menos de lo exigido en el contrato. Esa desinversión hizo que 1.133.000 personas que, según las metas, deberían haber tenido cloacas a fines de 2003 no las tuvieran. En el caso del agua corriente, la diferencia entre las metas y la realidad fue de 1.050.000 personas.

Entre los déficit del servicio también se destaca la baja presión de agua existente en varios partidos del conurbano. En mayo de 1999, el Etoss emitió una resolución que obligó a la empresa a aplicar rebajas en la facturación a quienes no recibieran la presión mínima establecida en el contrato de concesión. Sin embargo, la compañía nunca aplicó las rebajas pese a que el Etoss volvió a intimarla y a aplicarle multas por el incumplimiento. La estrategia de Aguas consistió en negociar la condonación de las multas con el organismo regulador.

Aguas Argentinas también provocó desequilibrios hídricos debido a la mayor expansión de la red de agua respecto de la de cloacas y la falta de complementariedad entre la utilización de las aguas superficiales y las subterráneas, provocando ascenso y contaminación de la napa freática, con la consecuente inundación de miles de viviendas, que vieron brotar el agua del suelo en los partidos de Lomas de Zamora, Quilmes y Almirante Brown. Pablo Cavallero, vecino de Adrogué, señaló a Cash que “las napas subieron hasta ubicarse 1,40 metro por debajo del suelo, lo que provocó desbordes constantes los días de lluvia”. Mirian Barbero, vecina del barrio Santa Marta de Lomas de Zamora, agregó que “muchos sufrimos vómitos y diarrea por la contaminación del agua”. Los reclamos vecinales hicieron que la empresa se comprometiera en 2001 a expandir los servicios de cloacas por sobre los de agua corriente. Sin embargo, el estallido de la crisis retrasó las obras. En la actualidad, lo único que se hace es sacar el agua de las napas altas con bombas, pero los vecinos sostienen que la medida es insuficiente.