La Reserva no tiene estructura propia sino que su personal depende de la Secretaría de Medio Ambiente. Se maneja con un modelo participativo de gestión en el que las decisiones se toman por un Consejo de Gestión Consultivo formado por tres ONG, la UBA y un coordinador general designado por el Gobierno de la Ciudad, un sistema que se está modificando para dar mayor rotación a la ONG.