Educado en las penurias de una familia siempre enferma, Bataille abrazó el catolicismo hacia el comienzo de la guerra del ‘14. En 1917, ingresó al seminario de Saint Fleur con intenciones de hacerse monje. Pierde la fe en 1920, cuando su catolicismo “causó que una mujer que amaba derramara lágrimas”. A fines de 1922 obtiene un cargo en la Biblioteca Nacional de París. Tiene un hijo con Sylvie Makles, quien luego se casará con Jacques Lacan, que participaba como él de la disidencia surrealista y la reflexión acefálica. En 1930 funda la revista Documents, que publicará gran parte de las intervenciones surrealistas. Breton lo expulsa del movimiento porque sospecha que Bataille intenta crear un “contra-movimiento”. En 1935 lanza con Roger Callois “Contre-Attaque”, grupo de oposición al fascismo. Al año siguiente, forma el grupo Acéphale, que da nombre a una revista, y su contrapunto teórico, el Colegio de Sociología, del que participan también Caillois, Michel Leiris y Pierre Klossowski. Crea con otros disidentes surrealistas la revista Minotaure. En 1946 funda la revista Critique, que publicará la obra temprana de Roland Barthes, Maurice Blanchot, Jacques Derrida y Michel Foucault.
Recuperado de una tuberculosis recurrente, se casa por segunda vez. En 1949 obtiene empleo como bibliotecario en Charpentras, en la Provence. En 1951 obtiene un cargo similar en Orleans. Recién en 1961, gracias al remate de una serie de pinturas de sus amigos Pablo Picasso, Max Ernst, Henri Michaux y Joan Miró, consigue comprarse un departamento en París y tener un mínimo de estabilidad financiera. Muere en París, el 8 de julio de 1962.
Escribió ficción, filosofía y poesía. Sus principales obras son: El ano solar (1927), Historia del ojo (1941), Madame Edwarda (1943), Suma ateológica (1943), La experiencia interior (1944), Sobre Nietzsche (1947), La parte maldita (1950), Mi madre (1957), La literatura y el mal (1957) y El erotismo (1961).