La escasez de combustible para autos durante la Segunda Guerra Mundial hizo que el transporte ferroviario de pasajeros diera un gran salto. Cada tramo del California Zephyr era de una compañía distinta: Chicago, Burlington and Quince Railroad, Rio Grande Western Railroad y Western Pacific Railroad. Se inauguró el 19 de marzo de 1949 y el tren fue un éxito hasta que en los ‘60 la actividad ferroviaria decayó. El California Zephyr hizo su último viaje el 22 de marzo de 1970. Con aviones y autopistas, el servicio terminó de derrumbarse y las compañías no querían continuarlo. Así nació Amtrak (contracción de American Track) en 1971 y 20 de las 26 empresas ferroviarias le cedieron sus servicios de pasajeros. A partir de la “era Amtrak” apareció el San Francisco Zephyr y recién en 1983 Amtrak volvió a operar el “nuevo” California Zephyr. Su ruta es un híbrido entre la original y la del San Francisco Zephyr. Y desde el año 2000 la frecuencia volvió a ser diaria.