En la zona donde hoy se encuentra la Reserva se encontraron restos de los primeros pobladores de la región, grupos de cazadores y pescadores que se asentaban en forma temporaria en túmulos (elevaciones naturales con agregados artificiales) ubicados sobre las zonas bajas del área. Los pobladores aprovechaban los recursos acuáticos del ecosistema, como lo prueba el hallazgo repetido de arpones y puntas de hueso para la pesca. Los indígenas se embarcaban en canoas para pescar, aunque también recolectaban moluscos y cazaban coipos, carpinchos, ciervos y otros animales para alimentarse. Los restos encontrados, así como los restos decerámica –algunas con hermosas decoraciones– datan los asentamientos en esta zona entre el 1000 a.C. y el 1500 d.C. Sobre la barranca, en la zona más alta de la Reserva, se encuentran también restos de un asentamiento de fines del período colonial, que según se cree perteneció a alguna familia de clase alta de la época.