Su jefe de inteligencia Fernando Verplaetsen fue condenado a 25 años de prisión, también en cárcel común, y el general Osvaldo García a 18 años. A su vez a los oficiales Raúl Jarcich y Cesar Fragni se los condenó a 8 años de prisión, y al comisario Alberto Aneto le correspondieron 14, todos de cumplimiento efectivo en cárcel común en el penal de Marcos Paz.

La sentencia de 360 páginas aproximadamente, en su parte inicial, desestimó todos los pedidos de la defensa referidos a la prescripción de la causa, a la cosa juzgada, al apartamiento del juez natural y a los argumentos referidos al indulto.

El Tribunal Oral Federal Número 1 de San Martín, donde se realizó el juicio, está integrado por Lucila Larrandart, Martha Milioc y Héctor Sagretti.

El tribunal dio por acreditado que tras el secuestro, tanto Floreal Avellaneda como su madre, Iris Pereyra, sobreviviente y querellante, fueron llevados por un grupo de tareas a la comisaría de Villa Martelli.

Ambos fueron llevados el 15 de mayo de 1976 del domicilio particular, donde el grupo de tareas había ido a buscar a su padre, y fueron trasladados a la comisaría de Villa Martelli, donde fueron torturados.

De esa manera, el tribunal también desestimó los argumentos de la defensa respecto a que habían sido trasladados a Munro. La comisaría de Villa Martelli, entonces era una comisaría bajo control del Ejército y de oficiales de Infantería y se encontraba en la llamada "Area 450", de Vicente López.

También se constató que en esa comisaría actuó el principal Alberto Aneto, uno de los imputados en la causa. Los magistrados aprobaron los testimonios que dieron cuenta de que el joven Floreal Avellaneda y su madre fueron trasladados desde allí al centro clandestino de detención llamado "El campito" o "Los Tordos", en Campo de Mayo, donde funcionaba el campo de tiro de la Ecuela de Infantería.

Veinte días después de permanecer en cautiverio, Iris Pereyra -querellante junto con su marido, Floreal Avellaneda- fue "blanqueada" y trasladada al penal de Olmos, donde permaneció dos años a disposición del PEN (Poder Ejecutivo Nacional).

El tribunal aceptó además como válido el testimonio del suboficial Víctor Ibáñez, quien declaró haber visto a Floreal Avellaneda dentro de una celda individual de ese centro clandestino de detención y haberlo individualizado a través de una lista de secuestrados que llevó al comando de Institutos Militares, a cargo entonces de Riveros.

En su sentencia, el juzgado dio también por acreditado que Floreal Avellaneda fue arrojado al Río de La Plata desde un avión que salió de Campo de Mayo y consideró "inaceptable" el planteo de la defensa en el sentido de que hubiera sido producto de un accidente.

En agosto del `76 el cuerpo de Floreal Avellaneda fue encontrado empalado en la costas del Río de La Plata, en la ciudad uruguaya de Colonia de Sacramento, junto con otros cadáveres, y reconocido poco después a raíz de un pedido de identificación de la justicia argentina a la uruguaya.

El ex general, durante su alegato, reivindicó el Código de Justicia Militar, admitió tener 400 causas abiertas en su contra y recordó que hace más de 10 años tiene detención domiciliaria.

También aludió a la "injustificable anulación de las leyes de punto final y obediencia debida, y a la errónea anulación de los indultos", así como deploró el "foráneo concepto de crímenes de lesa humanidad".