Al inicio del juicio se discutió sobre la vestimenta apropiada para el juicio. Sheikh Mohammed apareció luciendo una larga barba y una túnica blanca, y tanto él como otros de los acusados se negaron a utilizar los auriculares a través de los que se les traduce el juicio. Todos guardaron silencio como respuesta a las primeras preguntas del juez James Pohl.

Entre los cargos que se les imputan está los de terrorismo, asesinato, secuestro de aviones, conspiración, ataque a civiles, daños físicos graves premeditados y destrucción de la propiedad. En caso de ser declarados culpables podrían enfrentarse a la pena de muerte.

Tras su captura en 2003, Sheikh Mohammed fue retenido en primer lugar en una cárcel secreta de la CIA. Según documentos de los servicios secretos publicados en 2009, tan sólo en marzo de 2008 fue torturado en 183 ocasiones con el método de ahogo simulado, conocido como "waterboarding". Las confesiones obtenidas bajo tortura no son válidas durante juicios ante tribunales militares.

Más tarde, ya internado en la prisión de Guantánamo, Sheikh Mohammed confesó su papel en los atentados del 11-S y en otras acciones terroristas. Algunos críticos opinan sin embargo que todo el proceso quedó "envenenado" por las torturas iniciales y que incumple los estándares de un Estado de derecho. Antes del inicio del juicio, los abogados de los acusados denunciaron además que parte de la correspondencia que mantenían con sus clientes fue leída por personal del Pentágono.

Los acusados ya comparecieron ante un tribunal militar para la apertura de un juicio en 2008, bajo mandato de George W. Bush. Pero las autoridades no llegaron finalmente a abrir el proceso central por la llegada en 2009 del demócrata Barack Obama a la Casa Blanca. El actual presidente prometió cerrar la base de Guantánamo y juzgar a los acusados ante tribunales civiles en territorio estadounidense. Ninguna de esa dos promesas se cumplieron.