La decisión fue adoptada por el juez especial Miguel Vásquez de la Corte de Apelaciones de Santiago e incluye a ocho militares que por entonces eran tenientes y estaban a cargo de centenares de presos encerrados en el Estadio Chile de Santiago.

Inicialmente, el Poder Judicial informó de siete acusados, pero tras un rectificación oficial el juez sumó un octavo imputado. En su resolución, Vázquez ordenó la detención -como autores del delito de "homicidio calificado"- de los exoficiales, Hugo Sánchez Marmonti y Pedro Barrientos Núñez, quien vive actualmente en Estados Unidos, por lo cual se emitió una orden de captura internacional.De acuerdo a investigaciones periodísticas, Barrientos, apodado "el príncipe", habría sido el autor material del homicidio.

Como cómplices, el juez encausó y ordenó la captura de los exmilitares Roberto Souper Onfray, Raúl Jofré González, Edwin Dimter Bianchi, Nelson Hasse Mazzei, Luis Bethke Wulf y Jorge Smith Gumucio, que no había sido incluido en la primera resolución.

El juez ordenó la captura internacional del procesado Barrientos Núñez, quien reside en Estados Unidos desde 1990, y el encierro de los demás imputados al Batallón de Policía Militar número 1.

Jara, que además de cantautor era un destacado director de teatro, fue detenido el 12 de septiembre, un día después del golpe de Pinochet, junto a centenares de alumnos, trabajadores y profesores en la Universidad Técnica del Estado (UTE), la actual Universidad de Santiago (USACH), en la que se desempeñaba como docente. Todos fueron llevados al Estadio Chile, habilitado como centro de detención.

Ahí, Jara fue reconocido por los militares, separado de los demás prisioneros y sometido por varios días a torturas, entre ellas quemaduras con cigarrillos, simulacros de fusilamientos y la fractura de sus manos con golpes de culata. El autor de "Te recuerdo Amanda" entre numerosas canciones famosas fue "agredido físicamente, de forma permanente, por varios Oficiales".

El 16 de septiembre el Estadio Chile fue vaciado de prisioneros, con excepción del cantautor y de Littré Quiroga Carvajal, que fuera director de la Empresa de Ferrocarriles del Estado durante el gobierno de Salvador Allende (1970-1973). Los dos fueron llevados a un subterráneo del recinto y acribillados a tiros.

Jara, cuyo nombre lleva actualmente el recinto donde murió asesinado, recibió 44 impactos de bala y tenía numerosos huesos fracturados, según determinó el informe de la autopsia que le fue practicada tras el hallazgo de su cadáver, en la parte posterior de un cementerio situado en el área sur de Santiago. El cadáver de Víctor Jara fue reconocido en la morgue por su viuda, la bailarina británica Joan Turner, quien lo retiró y sepultó en el Cementerio General de Santiago, en un funeral con dos únicos asistentes: ella misma y el conductor de la carroza fúnebre.