Villafuerte Ruzo debió declarar ante la Comisión de Disciplina y Acusación del Consejo de la Magistratura para explicar las "dilaciones" y retardos en las causas que lleva adelante por delitos de lesa humanidad cometidos durante la última dictadura cívico militar.

El magistrado fue denunciado por el fiscal de San Nicolás Juan Murray, quien argumentó que el magistrado posee "inusitadas demoras" en causas contra represores, entre ellas la que se investigan los delitos cometidos por el subcomisario Luis Abelardo Patti. Tras ese cuestionamiento, la procuradora Alejandra Gils Carbó emitió un dictamen solicitando que se hiciese lugar a la recusación y pidió que se lo aparte de la causa Patti. El 10 de julio último la Corte Suprema de Justicia ratificó a Villafuerte Ruzo en la investigación de los delitos de lesa humanidad que se le atribuyen a Patti.

El juez envió un escrito a la Comisión del Consejo de la Magistratura. “Son innumerables las resoluciones dispuestas contra el personal militar y de fuerzas de seguridad por crímenes de lesa humanidad en las distintas causas en trámite ante este fuero federal”, argumentó el juez al pedir la desestimación del proceso de juicio político en su contra.

Villafuerte Ruzo habló de "agobio" por la sobrecarga de trabajo de su juzgado, que intervino en la investigación -aún abierta- por la muerte de Carlos Menem Junior, en 1993, y por la denominada "Masacre de Ramallo", el asalto con toma de rehenes en una sucursal del Banco Nación de esa localidad en 1999. El magistrado dijo al Consejo que el análisis de su desempeño "no puede aislarse" del que produjeron el trámite de esas causas, que llevan 20 y 14 años abiertas.

Villafuerte Ruzo es cuestionado "por las infundadas demoras en el trámite de los expedientes a raíz de haber asumido `una posición parcial contraria a la persecución penal´ de ese tipo de delitos" en referencia a las cusas por violaciones a los Derechos Humanos durante la última dictadura cívico militar. En un dictamen de 41 carillas, Gils Carbó había solicitado que se hiciese lugar a la recusación interpuesta en primera instancia por el fiscal Murray

En el recurso, cuyo tratamiento la Corte rehusó, se solicitaba el apartamiento del juez en la causa en la se investigan los secuestros y homicidios de Osvaldo Agustin Cambiaso y Eduardo Daniel Pereyra Rossi, el 14 de mayo de 1983, en la que se encuentra acreditada la participación de una patrulla de la Unidad Regional de Tigre integrada por Patti, entre otros. Los jueces supremos Ricardo Lorenzetti, Carlos Fayt, Elena Highton, Enrique Petracchi, Carmen Argibay y Eugenio Zaffaroni, en una resolución de sólo tres líneas, explicaron que "el recurso extraordinario, cuya denegación originó esta queja, es "inadmisible".