Juan nació en marzo de 1978 en la ESMA, donde su madre, Alicia Alfonsín, se encontraba en cautiverio luego de haber sido secuestrada por las Fuerzas Armadas. Su padre, Damián Abel Cabandié, de 19 años, fue secuestrado en su casa de Solís 688 del barrio de Congreso, el 23 de noviembre de 1977, y pocas horas después también secuestraron a su madre, quien entonces contaba con 17 años.

Ambos fueron llevados primero al centro clandestino de detención "El Banco" y luego al "Club Atlético", y en diciembre su madre fue llevada a la ESMA, dond fue instalada en la llamada "pieza de embarazadas". En marzo de 1978 dio a luz, en su celda a Juan, quien permaneció con ella 15 días.

Momentos antes de la separación entre Juan y su mamá, el prefecto Hector Febres le informó a Alicia Alfonsín que se había ordenado su "traslado" y le preguntó si quería escribir una carta a su familia.

Ella escribió la carta y la dejó junto al bebé. Esa noche el niño fue retirado por un suboficial a quien se conocía con el apodo de Pedro Bolita y luego fue apropiado por el ex miembro de la Policía Federal que hoy fue condenado.

Cabandié se crió como hermano de Vanina Falco, con quien estableció una estrecha relación afectiva. Fue ella quién lo llevó a la casa de las Abuelas cuando él comenzó a dudar de su identidad y su madre le confirmará que había sido adoptado. El 26 de enero de 2004, Juan supo la verdad y conoció su nombre verdadero, supo quiénes habían sido sus padres y quiénes componían su familia biológica, en especial sus abuelos y abuelas.

El 24 de marzo de 2004 fue invitado por el entonces presidente Néstor Kirchner, a quien considera su "segundo padre", a pronunciar unas palabras en el acto oficial del recuperación de la ESMA como espacio de memoria.

En 2005, fue designado por Kirchner como coordinador del Consejo Federal de Juventud y en 2007 se presentó a elecciones como cuarto candidato a legislador de la Ciudad de Buenos Aires por el Frente para la Victoria, que logró tres legisladores para asumir el 10 de diciembre de 2007.

Uno de ellos, Ginés González García, manifestó que cedería su banca para que pueda asumir Cabandié, lo que hizo antes de hacerse cargo de la Embajada argentina en Chile.

Cabandié es el titular del bloque del Frente para la Victoria de la Legislatura y la agrupación La Cámpora lo impulsa para que integre como segundo el binomio que por el oficialismo competirá en la Ciudad de Buenos Aires.