El exmilitar, quien continuará integrando el consejo directivo del organismo electoral, confirmó su dimisión en una declaración pública en la que recalcó que, con la decisión, intenta preservar el actual proceso de elecciones presidenciales y parlamentarias: "Mi conciencia está en paz y me siento libre de todo cuestionamiento legal y ético" desafió Juan Emilio Cheyre, quien agregó que su decisión fue “entendida y aceptada” por los demás consejeros.

El Secretario General de la Presidencia, Cristián Larroulet, dijo a su vez que "es una decisión que como Gobierno comprendemos, respetamos y consideramos que es un gesto importante a la luz de los argumentos que él expresó". Acerca de quién será el reemplazante del exmilitar, explicó que la ley señala que los cinco integrantes del organismo tienen autonomía total para designar a su presidente, y que espera "que eso ocurra en los próximos días".

La renuncia de Cheyre había sido reclamada por el candidato presidencial del Partido Progresista, Marco Enríquez-Ominami, y por la Agrupación de Detenidos Desaparecidos chilena. El abogado Carlos Peña había cuestionado la participación de Cheyre en el caso del argentino Ernesto Lejderman, hijo de una pareja asesinada por una patrulla militar en diciembre de 1973, que fue entregado por Cheyre a un convento en La Serena, 470 kilómetros al norte de Santiago.

El exmilitar sostuvo que al momento de entregar la criatura desconocía que sus padres habían sido asesinados, hecho por el cual en 2007 fueron condenados a prisión el entonces brigadier Fernando Polanco Gallardo y los suboficiales Luis Fernández Monje y Héctor Vallejos Birtiola.