Los grupos rebeldes más importantes del sur de Filipinas, principalmente de las islas de Mindanao, Basilan y Jolo, aseguran estar luchando por una tierra independiente para los musulmanes del país.
- Frente Moro de Liberación Nacional. El MNFL es la fuerza original separatista fundada en 1969. Firmó un acuerdo de paz en 1996 y muchas provincias del sur pasaron a ser la Región Autónoma del Mindanao Musulmán. Pero en los últimos tres meses, algunas facciones han empezado a tomar las armas nuevamente.
- Frente Moro de Liberación Islámico. Algunos líderes del MNFL, descontentos con la medidas tendientes hacia la paz, se fueron y formaron el MILF en 1996. Este es el grupo más numeroso en la actualidad, con al menos 15.000 miembros activos. El año pasado firmó un pacto de cese de hostilidades con el gobierno.
- Abu Sayyaf. Formado en 1998 de renegados del MNFL, Abu Sayyaf es el grupo más extremo y violento de los rebeldes. A pesar de definirse como un movimiento secesionista, ha hecho poco excepto cometer secuestros para cobrar rescate y explotar bombas. Está en la lista norteamericana de grupos terroristas que deberían ser eliminados. Se cree que tiene 80 combatientes y cientos de simpatizantes activos.
- El Pentágono. Este grupo de unas pocas docenas de ex miembros de MILF tomó notoriedad el año pasado cuando secuestró a muchos empresarios chinos. También está en la lista norteamericana de grupos terroristas.