Entre los años 1989 y 1990 todo el sistema acuático de Iberá sufrió un repentino elevamiento de unos 80 centímetros en su nivel de agua, inundando sectores de tierra firme. Según la opinión de los científicos no existió ningún fenómeno natural que explique semejante cambio, que para un ecosistema es una distorsión que rompe un equilibrio milenario, perjudicando así a montones de especies y de alguna manera a la totalidad. Este incremento coincidió con el desvío del río Paraná para su represamiento parcial en el complejo hidroeléctrico de Yacyretá, lo cual habría producido un trasvasamiento subterráneo de las aguas del embalse de la represa –que está a unos centenares de metros de Iberá– hacia los esteros. Diversas organizaciones ecologistas se han pronunciado en contra de que se eleve aún más la cota de los 76 metros de la represa, ya que esto traería demasiados trastornos ambientales a la zona de los esteros.