El ejemplo más conocido de resistencia de la SIDE a desclasificar información solicitada por el Poder Judicial se produjo en el marco de la investigación por el atentado contra la AMIA. En este caso, el ex presidente Néstor Kirchner habilitó la información.

En agosto de 2002, el Tribunal Oral Federal 3 le solicitó a la Secretaría de Inteligencia la desclasificación del sumario administrativo originado por las declaraciones del ex prosecretario del juez federal Juan José Galeano, Claudio Lifschitz, sobre el pago del organismo al imputado Carlos Telleldín. Un mes después, el entonces titular de la SIDE, Miguel Angel Toma, respondió que el sumario era “estrictamente secreto y confidencial”, restringió su conocimiento a los jueces y lo negó a las partes. Meses después, el tribunal declaró inconstitucional el decreto que mantenía esa clasificación de seguridad y le señaló al flamante presidente Néstor Kirchner que debía desclasificar todas las actuaciones relacionadas, tachando en todo caso las circunstancias que reflejaran el modo de operar del organismo y la identidad de sus agentes. Kirchner hizo lugar a ambos pedidos.

En el mismo expediente, la SIDE se había negado durante la presidencia interina de Eduardo Duhalde a relevar del secreto al ex jefe de los agentes, Hugo Anzorreguy, y a un grupo de empleados que habían intervenido en el caso AMIA. El tribunal intimó al Gobierno y la SIDE apeló la declaración de inconstitucionalidad de los decretos que les permitían guardar silencio a los agentes. En junio de 2003, antes de que la Cámara de Casación se pronunciara, Kirchner relevó a los agentes del secreto y los autorizó a declarar en la causa conexa a la del atentado, por el encubrimiento. Meses después, el Gobierno desclasificó 400.000 fojas con registros, fotos, partes de seguimientos e informes de agentes.