Su viaje tendría que haber durado tan solo media hora. Su destino era Quilmes. El tren que debía llevarlo de vuelta a casa había partido de Constitución a las 0.31 minutos del 29 de agosto de 1994. A la altura del puente de Sarandí se le acercaron dos hombres. Uno le habló de frente mientras el otro se ubicó a su espalda y aprovechando el traqueteo de las vías ejecutó un tiro mortal. El disparo entró por la nuca y salió por la sien. Cuando la formación llegó a Gonnet, un guarda tocó el hombro del pasajero creyendo que estaba dormido. Entonces el cuerpo del subcomisario Jorge Gutiérrez se desplomó sobre el asiento. Cinco pasajeros que compartían el vagón habían presenciado la escena.
El periodista Daniel Otero cuenta, en su libro Maten a Gutiérrez, que entre los viajeros se encontraba una mujer de unos 30 años, un hombre delgado, morocho y de ojos grandes y saltones que caminaba el mundillo de los trenes realizando venta ambulante y dos jóvenes que iban sentados en el mismo asiento.
Un mes antes de aquel 29 de agosto, Gutiérrez estuvo a cargo de la comisaría de Avellaneda. Los fondos de la repartición policial daban a un depósito fiscal y la guardia aparecía inquieta porque aseguraba que habían visto “un lobizón”, una persona de aspecto extraño que los vigilaba desde el depósito. Aunque Gutiérrez tomó en broma los dichos sobre luces y movimientos extraños, dos días después envió una patrulla para que investigara el lugar. Se toparon con dos guardias que se identificaron como miembros de la Policía Federal que les dijeron que “todo estaba normal”.
El depósito pertenecía a la empresa Depósitos Fiscales S. A., cuyo presidente era Julio Ernesto Gutiérrez Conde. Además de estar relacionado con depósitos en Córdoba y Río Gallegos, también se lo relacionaba con la empresa Express, involucrada en los casos de la mafia del oro, venta ilegal de armas, contrabando y subfacturación. Express fue una de las empresas contratadas para trasladar parte de las armas que salieron rumbo a Croacia y Ecuador. Por su parte, Defisa fue mencionada en la megaestafa conocida con el nombre de Aduana Paralela.
“Como se trata de un depósito fiscal tuvimos que intervenir”, explicó en su momento el entonces diputado Mario Das Neves, para fundamentar la intervención de la comisión parlamentaria que investigaba el caso de la aduana paralela en el asesinato de Gutiérrez. Entre la gran cantidad de testimonios que se escucharon en la comisión, incluso hubo uno que vinculó la muerte del periodista Mario Bonino con una investigación que el dirigente de la Unión de Trabajadores de Prensa (UTPBA) habría estado llevando a cabo sobre los mismos depósitos fiscales sobre los que Gutiérrez había fijado su atención.
Dos testigos reconocieron al cabo primero de la Federal, Alejandro “Chiquito” Santillán, como uno de los asesinos de Gutiérrez. El juez de primera instancia Federico Atencio lo encontró culpable y, coincidiendo con el fiscal del caso, firmó la cadena perpetua. En el posterior juicio oral, la Cámara Federal de La Plata puso en libertad a Santillán porque consideró que quedaban dudas de su culpabilidad. Casi al mismo tiempo que Santillán era liberado, Atencio era sometido a un jury y los testigos enjuiciados por falso testimonio. Una vez que terminó el juicio oral, Francisco “Barba” Gutiérrez, concluyó que “todos los que reclamamos justicia estamos enjuiciados y los asesinos sueltos”.