“Yo no estoy condenado a nada. No salgo del país por prudencia”, dice. Por eso dejó de visitar a su hijo radicado en Brasil. Esas causas internacionales son inventadas, agrega. Confiado en que la periodista francesa no conozca el caso explica que “hasta un abogado defensor fue puesto preso en el exterior por el único delito de haberlo sido”. Se refiere al mayor Jorge Olivera, quien no fue detenido por abogado, sino por el secuestro, violación y desaparición de la ciudadana francesa Marie Anne Erize. Harguindeguy afirma haber sido un administrativo sin injerencia política y niega cualquier responsabilidad personal en la represión. Estos son algunos de los casos que lo desmienten, más allá de su responsabilidad como ministro político de la dictadura:
u El juez federal Martín Irurzun lo procesó por el secuestro extorsivo de los empresarios textiles Federico y Miguel Gutheim, quienes fueron forzados a renegociar desde la cárcel un contrato privado con comerciantes de Hong Kong. Carlos Menem lo indultó.
u El ayudante y custodio de Harguindeguy Rodolfo Peregrino Fernández declaró que el ministro del Interior había formado una brigada operativa para el secuestro de personas, conducida por el jefe de la ayudantía, subcomisario Icely. El 22 de junio de 1976 el grupo secuestró a Lucía Cullen en su domicilio de la calle Concepción Arenal. Militante de los grupos católicos que confluyeron en Montoneros, Cullen era la viuda de José Luis Nell. El propio oficial inspector de la Policía Federal Fernández gestionó el área liberada para el secuestro ante el vecino Comando de Remonta del Ejército. Luego vio cómo se torturó a la secuestrada con picana eléctrica en el centro clandestino Omega, cerca del Camino de Cintura. En el sótano “había una cama sin colchón a la que estaba atada de pies y manos, totalmente desnuda, Lucía Cullen, con los ojos sin vendar”. Sus atormentadores eran el principal Juan Carlos Falcón, a) Kung Fu y el sargento primero Herrera, a) Tortuga. El comisario de la policía de Buenos Aires, Luis Vides, comentó que el lugar estaba “lleno de encanutados” y “muchos están para la boleta”. Por orden del jefe de la ayudantía de Harguindeguy, el principal Carlos Gallone también secuestró al periodista Ernesto Luis Fossatti, quien estaba indagando sobre el destino de Cullen. Ni Cullen ni Fossatti reaparecieron.
Peregrino Fernández también dijo a la CADHU que Harguindeguy “manejaba en forma personal todos los hechos referentes a la Iglesia”. Su ministerio vigilaba a los sacerdotes tercermundistas, “existiendo un archivo de 300 nombres con informaciones detalladas sobre la actividad de cada uno de ellos”. Por eso, la información confidencial sobre la masacre de los curas palotinos, el 3 de julio de 1976, se reunió en Interior. Como prueba, Fernández guardó la agenda telefónica de uno de los sacerdotes asesinados. En agosto de 1976, un par de días después del asesinato del obispo de La Rioja, Enrique Angelelli, la Guarnición Militar Salta remitió al ministro Harguindeguy una carpeta que decía “Confidencial”. Contenía los papeles personales que llevaba Angelelli en el auto volcado y que no se agregaron a la causa judicial ni se devolvieron a los allegados del obispo. Fernández fotocopió “parte de esa documentación, integrada por correspondencia original intercambiada con el arzobispo de Santa Fe, Vicente Zazpe, referida a la persecución que sufrían sectores de la Iglesia Católica por su actividad social, un cuaderno de notas y otros papeles”.
Harguindeguy también tenía toda la documentación sobre el secuestro en mayo de 1976 de los dirigentes radicales Hipólito Solari Irigoyen y Mario Amaya, antes de que se legalizara el caso. Amaya murió en la cárcel porlas torturas recibidas. Harguindeguy también había ordenado contestar en forma negativa a todos los recursos de hábeas corpus presentados ante la justicia por la detención o desaparición de personas.