- Causa Tandanor: El Tribunal Oral Criminal 5 lo denunció por la demora en elevar a juicio una causa por defraudación a la administración pública, que implicó el sobreseimiento por prescripción. En 1991, en el marco de la Ley de Reforma del Estado y mientras Bonadio formaba parte del Poder Ejecutivo, se produjo la transferencia del paquete accionario de la sociedad Tandanor al consorcio Marítimos S.A., que incurrió en diversas maniobras para frustrar el pago de 52 millones de pesos. Bonadio recibió la causa en diciembre de 2002. En 2006, querellantes y fiscales piden la elevación a juicio, que Bonadio materializó recién a fines de 2009.

- Causa Yoma: También por demoras injustificadas que derivaron en la prescripción de los delitos. En diciembre de 2000, la curtiembre Yoma, que hacía uso y abuso de un régimen de promoción industrial, fue denunciada por la Asociación Civil por la Igualdad y la Justicia por defraudación a la administración pública. Bonadio tardó cinco años para llamar a los imputados a prestar declaración indagatoria y otros cinco para elevar la causa a juicio.

- Causa Hemofílicos: Médicos y titulares de laboratorios fueron denunciados por el contagio de más de 1200 pacientes hemofílicos con los virus HIV, Hepatitis B y C, por suministrar concentrados sin el método de incentivación viral correspondiente. Bonadio fue denunciado por demorar la instrucción: tardó tres años en citar a indagatoria y en otros casos no lo hizo nunca pese a la orden de la Cámara Federal.

- Causa Sanoguera: Diego Sanoguera denunció a Bonadio porque nunca logró que le entregaran un certificado de sobreseimiento sin defectos. Agregó que fue maltratado y discriminado en el juzgado.

- Causa Marutian: El abogado Andrés Marutian, defensor del ex secretario de Transportes Ricardo Jaime, lo denunció por rechazar in límine un pedido de exención de prisión sin dar intervención al fiscal. La Cámara Federal revocó la decisión y señaló que eran irrazonables los motivos.

- Causa Tragedia de Once: El abogado querellante Gregorio Dalbon lo acusó de utilizar la causa con fines propios y no para buscar la verdad. Señaló que Bonadio orientó la investigación a demostrar una acción fraudulenta del Estado y citó como ejemplo el sobreseimiento del maquinista, revertido luego por la Cámara Federal.

- Causa Altamirano: La abogada Gloria Altamirano lo denunció por obstaculizar el ejercicio de la defensa. Sostuvo que el juez le impidió en varias oportunidades tomar vista del expediente y que recibió de parte del personal del tribunal un trato “cruel, inhumano y degradante”.

- Causa Rúa: El abogado Alejandro Rúa lo denunció por mal desempeño y lo responsabilizó por una “campaña de hostigamiento e intimidación” para limitar el ejercicio de la defensa de sus clientes, situación que cesó recién cuando la Cámara Federal apartó a Bonadio de la causa.

- Causa Once, búsqueda de Lucas Menghini Rey: El abogado Dalbon lo acusó de imputar arbitrariamente a bomberos, policías y socorristas para ocultar su propia responsabilidad en el hallazgo tardío del cuerpo. Bonadio ordenó cesar la búsqueda pese a las sugerencias de utilizar métodos alternativos que no afectaran la escena. Ante la repercusión pública, imputó por incumplimiento de deberes a bomberos y policías.