Otra de las discusiones que se abren con el desarrollo de la industria de los biocombustibles remite a las transformaciones que podrían producirse en la estructura agraria a partir del aumento de la demanda de oleaginosas y, en menor medida, cereales. Es posible que en una primera etapa la soja sea el insumo principal, lo que no provocaría mayores transformaciones en las tendencias de la actual expansión de la frontera agrícola (sojización). Frente a ello, se opone la posibilidad de desarrollar cultivos más eficientes en la producción de aceites para biodiésel. Entre ellos se destacan la colza, cuyo rendimiento en aceite es del 50 por ciento, frente al 18 de la soja, y que al ser de ciclo invernal podría combinarse con la soja. El cártamo, que se adapta a las condiciones áridas y con entre 30 y 40 por ciento de aceite. El ricino, también llamado tártago, con 50 por ciento de aceite de fácil extracción y particularmente adaptable a la zona norte del país. Con el aporte de la biotecnología se abre la posibilidad de nuevos desarrollos rentables que contrarresten la tendencia a la sojización y se adapten a muchas economías regionales y distintas escalas productivas.