El biodiésel puro es biodegradable, no tóxico y libre de azufre y compuestos aromáticos, sin importar significativamente el alcohol y el aceite vegetal que se utilice en la transesterificación. Sin embargo, el debate sobre la mejora real para el medio ambiente se da en varios países. La revista norteamericana Science acaba de publicar una nota en la que se afirma: “El argumento clásico en favor de los biocombustibles es que, a diferencia de los carburantes fósiles, como los derivados del petróleo, no incorporan a la atmósfera dióxido de carbono –uno de los causantes del calentamiento global–. Pero el estudio que se publica hoy advierte que esa hipótesis deja de lado el hecho de que, para hacer lugar a esos cultivos, se deforestan extensiones de tierra, lo cual envía a la atmósfera el carbono retenido en árboles y suelo. Además, la elaboración y refinación de estos biocombustibles a partir de los granos produce a su vez emisiones incluso superiores a las que requiere la refinación del petróleo”. La revista hace especial énfasis en la deforestación del Amazonas brasileño. Para cubrir la demanda de biodiésel en base a aceite de soja en el transporte automotor de cargas, y para un combustible que sólo posea un 10 por ciento de este componente, la Secretaría de Energía estimó que deberían molerse unas 4,36 millones toneladas de grano de soja, menos del 10 por ciento de la producción total de soja de 2010. Según Manuel Herrera, “en el país la producción de soja creció en terrenos salitrosos muy poco húmedos y el nivel de desertificación no fue significativo. Dato del que puede inferirse que en el país el conflicto señalado por la revista estadounidense es de menores dimensiones al del país vecino”.

El Departamento de Medio Ambiente de los Estados Unidos, por su parte, realizó en junio pasado un informe que señala que el reemplazo del gasoil por una mezcla con biodiésel, aun tomando en cuenta las emisiones que produce su fabricación, significa una disminución de gases tóxicos superior al 5 por ciento. En la Secretaría de Energía ponen como ejemplo a Alemania, por ser uno de los países desarrollados que han demostrado mayor preocupación por el medio ambiente. En ese país, 3 mil de las 16 mil estaciones de servicio ya expenden biodiésel con una proporción del 10 por ciento de mezcla. En varios estados de Norteamérica se utiliza puro para el transporte general escolar y en un 20 por ciento para transporte general. La exigencia actual de la Unión Europea es que el gasoil debe contener un mínimo de 10 por ciento de mezcla con biodiésel. Y muchas estaciones de servicio lo venden con una proporción de biodiésel del 20 por ciento