Nació en Nueva Orleans, Louisiana, en 1961, comenzó su formación clásica en la trompeta a los 12 años y poco más tarde tocó en bandas locales de diversos géneros. A los 17 años entró en la Juilliard School y en la banda Art Blakey and The Jazz Messengers. Ganó nueve premios Grammy (aunque eso signifique poco más que el reconocimiento que la propia industria pueda llegar a tener con quien considere uno de los suyos) y en 1983 y 1984 se quedó simultáneamente con los correspondientes a música clásica y jazz. Su obra incluye varias composiciones ambiciosas, en forma, extensión y contenidos humanísticos. Además de Blood on the Fields, Citi Movement/Griot New York, Big Train, los ballets Jump Start y Jazz, con coreografías de Twyla Tharp, y Them Twos, para el New York City Ballet y con coreografía de Peter Martins, y la monumental All Rise, comisionada y estrenada por la Filarmónica de Nueva York, junto a la JLCO, y grabada en 2001 (y publicada el año siguiente) por la JLCO con la Orquesta Filarmónica de Los Angeles, el Morgan State University Choir, The Paul Smith Singers y The Northridge Singers.

Marsalis compuso también Unforgivable Blackness: The Rise and Fall of Jack Johnson, la banda sonora del documental de Ken Burns sobre el boxeador, editada en disco por Blue Note. El mismo sello publicó From the Plantation to the Penitentiary (2007), Two Men with the Blues, con Willie Nelson (2008), He and She (2009), Here We go Again, nuevamente con Nelson, Wynton Marsalis & Norah Jones (2011) y Wynton Marsalis & Eric Clapton Play The Blues (2011). Para conmemorar los 200 años de la Iglesia Bautista Abisinia de Harlem, en 2008, Wynton Marsalis compuso una misa para coro y orquesta de jazz que se estrenó en el Lincoln Center y fue luego interpretada en la célebre iglesia. Su segunda sinfonía, Blues Symphony, fue estrenada en 2009 por la Orquesta Sinfónica de Atlanta y por la Orquesta Sinfónica de Boston en 2010. Ese mismo año, estrenó su tercera sinfonía, Swing Symphony, un encargo compartido de la Filarmónica de Nueva York y la Filarmónica de Berlín. La JLCO tocó la obra con cada una de estas orquestas entre 2010 y 2011. Fue nombrado Mensajero de la Paz por las Naciones Unidas y Embajador Cultural de los Estados Unidos. Fue galardonado, asimismo, con la Legión de Honor de Francia.