La belleza del paisaje en la Quebrada de las Conchas tiene una explicación geológica. Y es que estas montañas son parte de una colorida formación calcárea llamada yacoraites -–vetas superpuestas de distintos colores–, que se extiende en línea desde Perú, bajando por Bolivia y la Quebrada de Humahuaca, terminando en la Quebrada de las Conchas, sobre la Cordillera Oriental. Yacoraites tiene entre 65 y 75 millones de años y sus cerros de colores -–que fueron la antigua costa marina– son contemporáneos de los dinosaurios (cretácico superior).

Los llamativos tintes se deben a que los cerros contienen minerales que se oxidan al tomar contacto con el oxígeno. El hierro se vuelve entonces rojo, y el manganeso, el azufre y las cales toman coloraciones que van del ceniza al blanco y del amarillo al azul.