El juez federal Claudio Bonadio acumula 17 denuncias presentadas ante el Consejo de la Magistratura por “mal desempeño”, “malos tratos” y “discriminación”, y en la Justicia penal, por “enriquecimiento ilícito” y “encubrimiento de una red narco”, entre otros. En la Justicia penal fue denunciado entre 2014 y 2015 por “violación de deberes de funcionario público”, por “enriquecimiento ilícito”, por “privación de ilegal de la libertad”, originada en un conflicto con un juez de Instrucción, y por “encubrir a una red narco basada en el testimonio de una mujer” en un programa televisivo, aunque esta última aun no tiene trámite. El secretario de Justicia y consejero de la Magistratura, Julián Alvarez, lo denunció por usar las causas que tiene en su juzgado para extorsionar a los consejeros y así obstaculizar el funcionamiento del organismo. Otro expediente fue presentado por la procuradora Alejandra Gils Carbó.