Según fuentes de la Auditoria, la Sigen no habría entregado 211 informes de control sobre organismos descentralizados y distribución de fondos públicos. El pedido había sido planteado en marzo de 2010 y en diciembre del mismo año el planteo llegó a la Cámara Federal de Apelaciones en lo Contencioso Administrativo. La Siguen, por su parte, informó que en septiembre de 2010 se conformó junto con la AGN una Comisión de Enlace “para que ambos organismos de control se brinden información, la cual sesiona periódicamente y con total reciprocidad". En ese marco, afirmó haber entregado "la totalidad de la información con la que cuenta, con la totalidad de los informes, y su plan de trabajo anual, como también el plan de trabajo de todas las Unidades de Auditoría Interna".

Asimsimo, la sindicatura señaló que desde el 2003 "se fortaleció el control interno dotándolo de herramientas, recursos técnicos, presupuesto y capacitación para la alta profesionalización del personal, lo que hace que en el trabajo contributivo con los que gestionan, se mejoren notablemente los procedimientos y se logre una eficaz gestión del Estado". Además, detalló que "se pusieron en práctica normas de rendición de cuentas, normas de control interno-gubernamental, un manual de control interno y la constitución de la Red Federal de Control", que permite una "revisión preventiva a lo largo y ancho de todo el país que logra que se subsanen los errores antes que se produzcan".

Según indicó el organismo, estas acciones "lograron que los desvíos que se producían en anteriores gestiones de gobierno, hoy se han superado", y puso como ejemplo "los planes de inclusión social, con el monitoreo y la supervisión previa, que hoy son casos líderes de buen funcionamiento".