Las irregularidades de la causa que investiga la desaparición de Jorge Julio López son un capítulo aparte del proceso principal. La Justicia aún no pudo establecer cuál fue el destino del testigo, y gran parte de los esfuerzos de los investigadores se consumen en volver sobre pistas que fueron abordadas con severas anomalías. Tal es el caso del rastrillaje que hizo la Justicia provincial en la zona de Atalaya, partido de Magdalena, cuando hacía una semana que no se sabía nada de López. En ese procedimiento los perros adiestrados detectaron rastros del desaparecido en un colchón, pero la búsqueda fue interrumpida sin justificación, careció de actas y la SIDE sospechó que habrían plantado una prueba, pero no se investigó esa hipótesis. El juez federal Arnaldo Corazza ordenó que mañana se realizara la reconstrucción de aquel anómalo operativo.

Esta medida había sido pedida en junio del año pasado por la agrupación Justicia Ya!, y fue solicitada también con insistencia por los familiares de López. Los querellantes de esa organización, entre quienes se encuentran las abogadas que representaron a López en el juicio contra el represor Miguel Etchecolatz, pretenden filmar la reconstrucción.

El 23 de septiembre de 2006 una comisión policial que buscaba al testigo llegó guiada por perros hasta una finca de la localidad de Atalaya, propiedad del delegado municipal Rubén Darío Durso. Los canes ladraron al olfatear un colchón que había en una casilla rodante ubicada en el predio, y unas prendas de vestir. Desde Justicia Ya! recordaron que “hay dudas sobre qué reconocieron los perros, los testimonios de los policías que participaron en el hecho difieren sobre eso, y se hizo que los perros olfatearan las prendas nuevamente, 40 días después, y el resultado fue negativo”. Además, denunciaron que horas antes del procedimiento los policías habían estado en la casa, e incluso tomaron mate con el dueño mientras los perros descansaban afuera. Según los dichos posteriores de Durso, uno de los policías que merendó en su casa llevaba en su cintura una zapatilla de López utilizada para orientar a los perros.

Los nombres de los policías que participaron no se dieron a conocer hasta 10 meses después, y no se tomó declaración al único vecino de Atalaya que dijo haber visto a López en la zona, un hombre de apellido Buseta, que ya está muerto. “El acta fue elaborada describiendo el segundo procedimiento realizado en el lugar, el cual culmina por una decisión hasta hoy inexplicable a las 22.50, siendo que los perros marcaron rastros relevantes exactamente en el lugar en que horas antes personal policial dijo haber visto a alguien muy parecido a López. Pero esta información no fue registrada en ninguna acta”, describió la abogada Guadalupe Godoy. Y agregó que “aún no queda en claro por qué se toma la decisión de investigar en Atalaya, ni por qué se interrumpe este procedimiento con el absurdo argumento de ‘lo tupido de la vegetación y la oscuridad reinante’ a pesar de estar ante la posibilidad de seguir encontrando rastros de Jorge Julio López”. La pista nunca pudo ser verificada y no se podrá saber si López pasó vivo por Atalaya.