A lo largo de su carrera recibió numerosos premios por su labor periodística dentro y fuera de México. En Estados Unidos fue reconocido en 1977 como el periodista del año por Atlas Word Press Review. "Toda su carrera la hizo contra la corriente y se ha demostrado que tenía razón", dijo el escritor colombiano Gabriel García Márquez, Premio Nobel de Literatura, al entregarle en 2002 el premio de la Fundación Nuevo Periodismo en la categoría de homenaje.

Andrea Sosa Cabrios, de la agencia dpa, lo definió como "una pluma sin complacencia que enfrentó al poder y marcó rumbos en la prensa escrita durante más de cuatro décadas".

En 1976, una maniobra atribuida al presidente Luis Echeverría despojó a Scherer de la dirección del Excélsior, periódico del que se fue con un grupo de más de 200 personas, y fundó "Proceso", que se mantiene en circulación como el semanario político con mayor peso y trayectoria en México. "Proceso" ofreció desde el principio una voz disonante en medio de la hegemonía política del PRI, que compraba la línea editorial de diarios, revistas, radio y televisión. Las páginas de "Proceso" fueron desde entonces una ventana crítica a la realidad.

Scherer dejó en manos más jóvenes la dirección del semanario en 1996, pero siguió activo, renuente a convertirse él mismo en objeto de entrevistas y reportajes. En los últimos años publicó varios libros, entre ellos "Parte de Guerra", con revelaciones inéditas sobre la masacre estudiantil de 1968 en la Plaza de Tlatelolco, "Los Patriotas: de Tlatelolco a la guerra" y "El perdón imposible: No sólo Pinochet". También escribió "La pareja", un libro crítico sobre el presidente Vicente Fox y el protagonismo de su esposa, Martha Sahagún.

En 2001, entrevistó al "subcomandante Marcos", cuando el líder zapatista llegó a la capital mexicana al frente de una caravana para reclamar el reconocimiento constitucional de los derechos indígenas. Fue la entrevista imposible del máximo ícono del periodismo mexicano con el máximo ícono de la rebelión, emitida en el Canal 2 de Televisa, una televisora que durante el régimen priísta se identificaba como "soldado del PRI" y era la voz del sistema.

Reconocido con diferentes premios a lo largo de trayectoria, en 2005 se le homenajeó en la Feria Internacional del Libro de Guadalajara (FIL), la más importante de México y América latina.