Tras la acordada de la Corte, mediante sorteo, se designó como director general del organismo al presidente de la Cámara Nacional de Apelaciones en lo Criminal y Correccional Federal, Martín Irurzun, quien en caso de licencia, vacaciones o que no pudiera cumplir su función, será reemplazado por el titular de la Cámara Federal de Apelaciones de Comodoro Rivadavia, Javier Leal de Ibarra.

El juez no estará solo: el organigrama prevé un director y cuatro subdirectores (dos de ellos con experiencia en investigación judicial, uno en el área informática y otro en administración) mientras que la Corte llevará anualmente una auditoría "sin perjuicio de las disposiciones de control sorpresivas transitorias que se dispongan".

Según la resolución de la Corte Suprema, la Dirección de Captación de Comunicaciones "tendrá por objetivo dar trámite al cumplimiento de las medidas referentes la interceptación y captación de comunicaciones privadas de cualquier tipo, que fueran requeridas por los magistrados judiciales y del Ministerio Público Fiscal" con los criterios de "transparencia y confidencialidad" y buscando una estructura con mejor tecnología y una relación activa con las operadoras telefónicas.