Los letrados Eduardo Barcesat y Roberto Boico presentaron un amparo ante la jueza federal María Servini de Cubría, en el que sostuvieron que pese a resolver en ese expediente cuando ya el fallido mandato de Bussi había expirado, el Máximo Tribunal violó la división de poderes.

Según los denunciantes, la Corte "se ha arrogado la facultad de interpretar los alcances de una norma constitucional sin que existiera causa judicial concreta", en alusión al artículo 64 de la Ley Fundamental que faculta a cada Cámara a convertirse en juez de los títulos de sus integrantes, y que fue minimizado por la mayoría de los ministros en el fallo criticado.

El Tribunal, "no puede formular declaraciones jurídicas abstractas... ni indicarle a otro poder del estado cómo debe actuar en el futuro", y el "expediente Bussi", tiene incidencia "en casos análogos, tales como el del ex comisario (Luis) Patti".

Bussi se presentó como candidato en las elecciones legislativas de 1999 y resultó electo diputado nacional de Tucumán por Fuerza Republicana, pero en mayo de 2000 la Cámara baja, por mayoría de sus integrantes, se opuso a que fuera uno de sus miembros por presunta "inhabilidad moral" por su actuación durante la dictadura militar.

Por otra parte, Boico y Barcesat también impugnan que los ministros hayan autorizado "para el futuro el acceso a cargos públicos electivos a aquellos que hayan participado como integrantes activos del último alzamiento militar, con el agravante de que muchos de ellos son sospechados de graves violaciones a los derechos humanos y de la comisión de delitos de lesa humanidad".