Además de Otegi, fueron arrestados Rafa Díez Usabiaga, ex líder del sindicato LAB; Sonia Jacinto, ex tesorera del Partido Comunista de las Tierras Vascas (PCTV, también ilegalizado); el dirigente de Batasuna, Rufi Etxeberría y Miren Zabaleta, hija del coordinador de Aralar, Patxi Zabaleta, entre otros.

Las detenciones, que se llevaron a cabo en el marco de un "operativo contra la mesa nacional cúpula de Batasuna" se produjeron en Guipúzcoa, País Vasco, y en Navarra, norte de España.

El juez de la Audiencia Nacional, Baltasar Garzón, a cargo del operativo, los acusa de formar e integrar "la nueva mesa nacional de Batasuna, formación política que fue ilegalizada en 2003 tras ser considerada un apéndice de la organización separatista vasca ETA", que funcionaba bajo sus órdenes.

Los acusados habían creado un órgano denominado "Bateragune, que en castellano significa "todos juntos" o "encuentro", y debatían estrategias para volver a las instituciones por medio de un "distanciamiento de la violencia explícito".

El último golpe policial contra la mesa de Batasuna tuvo lugar el 5 de octubre de 2007, cuando 23 miembros de la mesa nacional fueron detenidos por orden del juez Garzón en el marco del sumario que investigaba la financiación de ETA a través de las "Herriko Tabernas (bares populares), controladas por los radicales.

Otegi ya había sido procesado por la justicia española y salió de la cárcel en agosto de 2008 tras cumplir una pena de 15 meses por "apología del terrorismo" por participar en un homenaje a un miembro de ETA.