Luego de esa publicación, un grupo de asociaciones musulmanas llevó a la revista ante los tribunales y un tribunal francés falló a favor del semanario alegando que las caricaturas se dirigían contra los terroristas más que contra los que practican la religión.

En 2011 siguió una edición especial titulada "Sharia Hebdo", donde se firmó un artículo con el seudónimo "redactor jefe invitado Mahoma". El día de esta publicación, la oficina de la revista en París fue atacada con objetos incendiarios.

En septiembre de 2012 la revista volvió a publicar caricaturas del profeta musulmán y tuvieron que cerrar provisionalmente instituciones francesas en algunos países por motivos de seguridad.

El 2 de enero de 2013 la revista publicó una biografía en forma de cómic de Mahoma, titulada "La vida de Mahoma", lo que provocó un ataque de hackers durante días. "Si la gente quiere recibir un shock, lo tendrá", dijo el editor jefe Stephane Charbonnier en ese momento.