Con más de cuarenta años brindando servicios en la Armada, el almirante Jorge Godoy pasará a la historia por haberse diferenciado de los jefes del arma que lo antecedieron y realizar una autocrítica pública de la participación y el desempeño de los marinos durante la última dictadura, como la que había realizado el entonces jefe del Ejército, Martín Balza, en 1995. Pero pese a estas posiciones, durante su mandato también se descubrió que algunas dependencias de la Armada realizaban operaciones de inteligencia política sobre civiles, incluyendo al mismo presidente Néstor Kirchner o el gobernador de Chubut, Mario Das Neves, entre otros y aportó pocos datos y documentación sobre lo actuado por la fuerza en aquellos años.

Ajustándose al camino político elegido por el gobierno del presidente Néstor Kirchner, aquel discurso emitido en marzo de 2004 en conmemoración del nacimiento del almirante Guillermo Brown, fundador de la fuerza, tuvo como espectadores a un grupo de retirados navales, entre los que se encontraban Joaquín Stella, Enrique Molina Pico, Jorge Ferrer y Jorge Isaac Anaya. La elección de la fecha no fue al azar, ya que para esa ocasión se reúne todos los años casi toda la familia naval y faltaban veinte días para que el gobierno nacional anunciara que la Escuela Superior de Mecánica de la Armada (ESMA), emblemático centro clandestino de detención durante los años de plomo, se convertiría en un Museo de la Memoria. Godoy dijo: “No se puede pensar un porvenir, ni construir el presente, permaneciendo prisionero del pasado: la decadencia a la que referí sería entonces la antesala del fin. La Armada debe, pues, proyectarse al futuro y trabajar con fervor en la consecución de sus metas, que son las del país. Es nuestro deber y nuestro privilegio”. En otro tramo del discurso Godoy enfatizó que “sabemos hoy, por la acción de la Justicia, que aquel lugar –que por su elevado destino debió mantenerse al exclusivo servicio de la formación profesional de nuestros suboficiales– fue utilizado para la ejecución de hechos calificados como aberrantes y agraviantes de la dignidad humana, la ética y la ley, para acabar convirtiéndose en un símbolo de barbarie e irracionalidad”. También afirmaba que “así como no puede ocultarse el sol bajo un arnero, no pueden esgrimirse argumentos válidos para negar o excusar la comisión de hechos violentos y trágicos en ese ámbito. Hechos que nada ni nadie podría justificar, aun en las gravísimas circunstancias vividas”, y aclaraba: “Estoy convencido, compartiendo en ello plenamente el pensamiento del gobierno nacional, que sólo en la justicia y en la verdad podrá obtenerse el ansiado y pleno reencuentro de la sociedad argentina”.

Nacido en Mar del Plata en 1946, el almirante Godoy egresó de la Escuela Naval Militar como guardiamarina en diciembre de 1968. Perteneciente al Cuerpo de Comando, Orientación Superficie, se desempeñó como oficial en distintos buques de la Armada entre 1969 y 1991. Está casado con María Laura Valdivia Lúpiz con quien tuvo dos hijos.

Pero de la posición expresada en sus discursos, ya que en más de una oportunidad repitió los mismos argumentos, poco se pudo ver en concreto. Si bien su discurso fue bien recibido por la mayoría de la sociedad y el arco político, los organismos de derechos humanos le recriminaron que “ahora tiene la oportunidad de ir a los juzgados y presentarse en las causas que se han abierto desde la anulación de las leyes de impunidad. Tienen la oportunidad de transitar el camino de la verdad y la justicia y de asumir la responsabilidad en los juicios que se puedan iniciar”.

Incluso el secretario de Derechos Humanos de la Nación, Eduardo Luis Duhalde, cuando testimonió frente al juez Hugo Sastre por la causa de los fusilamientos de Trelew ocurrida en 1972 y reabierta 35 años más tarde pidió al juez que Godoy intervenga para “que la Armada aporte información sobre el capitán Luis Emilio Sosa y el teniente Roberto Guillermo Bravo”, ambos brazos ejecutores de la masacre. “La respuesta la debe dar el almirante Godoy porque de los registros de la marina no pueden esfumarse dos oficiales de esta manera, en algún lado deben haber cobrado su sueldo”, argumentó Duhalde, sin obtener respuesta aún de la marina.

Pero la denuncia más grave fue efectuada por un marino de la base Almirante Zar de Trelew, quien se presentó ante el Centro de Estudios Legales y Sociales (CELS) para dar testimonio sobre la petición que le habían hecho sus superiores de realizar tareas de inteligencia sobre civiles. El escándalo provocó que la ministra de Defensa, Nilda Garré, anunciara que se actuaría “con toda severidad” ya que “estamos ante incumplimientos de la ley (de Defensa Nacional y de Seguridad Interior) muy graves y se va a actuar con toda la severidad que corresponde”, lo que empujó a Godoy a tomar la decisión de clausurar “las centrales y secciones de Inteligencia hasta que se realice una inspección administrativa, funcional y operativa” que estaría a cargo de oficiales superiores y funcionarios de Defensa. Godoy logró mantenerse en su puesto, pero debió retirar al número tres de la Armada, Eduardo Luis Avilés, quien se desempeñaba como comandante de Operaciones Navales y al director de Inteligencia Naval, Pablo Carlos Rossi.