Para los camaristas, Godoy y Rótolo "controlaban el aparato de inteligencia de la Armada Argentina y tenían conocimiento de que desde allí se llevaban a cabo" las tareas de inteligencia, de manera que, concluyeron, ellos "impartieron las directivas que pusieron en marcha (...) las actividades delictivas". Además, indicaron que esas prácticas "al menos de 2004 a 2006" pretendían seguir las actividades de "dirigentes sociales y políticos", así como "de organismos de derechos humanos".

La causa se inició el 17 de marzo de 2006 a partir de una denuncia presentada por el cabo Carlos Ariel Alegre ante el Centro de Estudios Legales y Sociales (CELS). En ese momento, el entonces juez federal de Chubut, Jorge Pfleger, allanó la oficina donde funcionaba el Servicio de Inteligencia Naval y durante los operativos se secuestró documentación y equipos informáticos en la guarnición de Trelew.

La documentación demostró que desde esas oficinas se realizaba el seguimiento de políticos y referentes de esta provincia, con escuchas telefónicas e informes. La investigación provocó el inmediato alejamiento del vicealmirante Pablo Rossi, exdirector de Inteligencia Naval, y del contralmirante Eduardo Luis Avilés, quien era jefe del Comando de Operaciones Navales, quienes están siendo juzgados en Chubut junto con los capitanes de corbeta Eduardo Omar Merlo y Gustavo René Monzani; el suboficial primero Vicente Claudio Rossi, además del suboficial segundo Daniel Vicente Guantay y el suboficial principal Alfredo Luis Andrade.

Entre los acusados también figuran los capitanes de navío Jorge Alberto Janiot, Gustavo Leopoldo Ottogalli y Félix Medici; el contraalmirante Pablo Carlos Rossi y el vicealmirante Eduardo Luis Aviles; el contraalmirante Luis De Vincenti y Cristian Andrés Vidal; los capitanes de navío Carlos Daniel Vázquez y Carlos Ruda. Todos ellos quedaron implicados por haber trabajado en la Base o por su papel en Puerto Belgrano, centro desde la cual se coordinaban todas "las tareas" ahora investigadas.