Sus restos serán velados en la casa de su hijo Pedro Bordaberry, quien es uno de los referentes del opositor Partido Colorado y, actualmente, ocupa un escaño en el Senado. El sepelio será en un cementerio privado en las afueras de Montevideo.

Juan María Bordaberry fue presidente constitucional de Uruguay desde el 1 de marzo de 1972 hasta el 27 de junio de 1973, cuando disolvió el Congreso y encabezó un golpe de Estado. Permaneció en el cargo hasta el 12 de junio de 1976, cuando un grupo de militares lo destituyó y asumió directamente la conducción, colocando en la presidencia a los civiles Alberto Demichelli (1976) y Aparicio Méndez (1976-1981).

En 2007, Bordaberry fue procesado por la Justicia por diversos delitos de lesa humanidad, como la desaparición forzada de personas, asesinatos políticos y atentado contra la Constitución. En noviembre de ese año fue encarcelado, pero debido a problemas de salud pasó a cumplir la pena en su domicilio.

En marzo de 2010 la Justicia lo condenó a 30 años de prisión.