Personal del Departamento Interpol de la Policía Federal detuvo a Graffigna en su casa de Teodoro García 1556, ciudad de Buenos Aires, donde además secuestró carpetas con información sobre actividades de la Fuerza Aérea. Entre los documentos hay actas en las que se registra el contenido de las reuniones mantenidas por la Junta Militar, además de Organigramas de la Fuerza Aérea, Reglamentos y Directivas del accionar de la aeronáutica en la represión.

El brigadier retirado, quien integró la Junta Militar de la última dictadura entre 1979 y 1981, prestó ya declaración indagatoria en los tribunales de Comodoro Py, en el marco de la causa "Primer Cuerpo de Ejército". Está acusado por la privación ilegal de la libertad de Patricia Julia Roisinblit (hija de Rosa Roisinblit, vicepresidenta de Abuelas de Plaza de Mayo) y José Manuel Pérez Rojo, secuestrados el 6 de octubre de 1978 y alojados en la Regional de Inteligencia de Buenos Aires (RIBA), sede Morón, donde permanecieron al menos hasta el 14 de noviembre siguiente. Ambos se encuentran desaparecidos. Patricia estaba embarazada de ocho meses al ser detenida, y a mediados de noviembre fue trasladada a la ESMA, donde dio a luz a un varón que fue sustraído y apropiado, y que conoció su verdadera identidad en 2001, a los 23 años.

El juez Rafecas deberá analizar si la imputación a Graffigna queda acotada a su intervención en la detención de Pérez Rojo y Roisinblit o si deberá extender su responsabilidad como Jefe del Estado Mayor General de la Fuerza Aérea. En ese caso, será acusado por las torturas a casi 100 víctimas que fueron víctimas de la Fuerza Aérea en la llamada Subzona 16, comprendida por los partidos de Morón, Merlo y Moreno y que incluía al centro clandestino de detención conocido como “Mansión Seré".