El 22 de enero de 2009, dos día después de jurar su cargo, Obama firmó una orden ejecutiva en la que ordenaba el cierre de la prisión ubicada en la isla de Cuba, en el plazo máximo de un año. También ordenó entonces una suspensión cautelar de los juicios militares de los detenidos en la prisión cuestionada por las condiciones en las que eran tratados los presos, pero no cumplió con su anuncio. En aquel momento Guantánamo alojaba a 247 presos, de los que se ha extraditado, transferido a otros centros o puesto en libertad a 100, mientras permanecen allí, entre otros, los cinco presuntos coordinadores de los atentados del 11-S en Nueva York y Washington, inclusive su cerebro, Jalid Saij Mohamed.

"Desde el principio de mi administración, Estados Unidos ha trabajado para que los terroristas respondan ante la justicia, de acuerdo con nuestro compromiso de proteger a la ciudadanía norteamericana y preservar sus valores", afirmó Obama en un comunicado difundido por la Casa Blanca. "Hoy anuncio una serie de medidas para llevar a los terroristas ante la justicia, darle a nuestras acciones un marco de supervisión y asegurarnos de que se trata a los detenidos de forma digna", indicó el mandatario, y agregó: "Creo firmemente que el sistema norteamericano de justicia es una parte crucial de nuestro arsenal en la guerra contra Al Qaeda y sus afiliados".

Según algunos analistas políticos, Obama se ha enfrentado a problemas clave para poder cerrar Guantánamo: la negativa de la mayoría de los estados norteamericanos a recibir a estos presos capturados en Afganistán, que muchos países hayan eludido recibirlos, y las dudas acerca de la capacidad del sistema judicial civil para juzgar a estos presos, muchas de cuyas confesiones fueron obtenidas con métodos que bajo la legislación norteamericana se considerarían como tortura.

En Guantánamo, abierta en 2002 por la Administración del presidente George W. Bush tras los atentados del 11/S para encerrar a supuestos terroristas, Estados Unidos no permitió la aplicación de la Convención de Ginebra, que protege a los prisioneros de guerra, y negó la garantía del hábeas corpus -derecho a juicio- a los prisioneros que mantenía ajenos al mundo y fuera de sus países.