Ningún miembro del gobierno nacional asistió al lanzamiento del manifiesto opositor presentado por Bergoglio. Pero además, el Poder Ejecutivo rechazó la Operación Amnistía, impulsada desde un cuidadoso segundo plano por el Episcopado Católico, que preside el Arzobispo porteño. La solicitud del perdón fue transmitida al gobierno nacional por un obispo de esa iglesia y lleva las firmas de los ex dictadores Jorge Rafael Videla y Benito Bignone, el general Santiago Omar Riveros y el vicealmirante Hugo Siffredi, el comisario Miguel Etchecolatz y el sacerdote Christian von Wernich, el Turco Julián y El Nabo Barreiro, el ex jefe del Batallón 601 de Inteligencia del Ejército Carlos Tepedino y su especialista civil en organizaciones religiosas Julio Cirino, los miembros del grupo de tareas de la ESMA Raúl Scheller y Pablo García Velazco, los procesados por la masacre de Margarita Belén y un centenar de ex militares, marinos, policías, penitenciarios y agentes civiles de Inteligencia detenidos por su participación en crímenes de lesa humanidad. La jerarquía eclesiástica obvió el protocolo para entregar la solicitud al Ministerio de Relaciones Exteriores, Comercio Internacional y Culto: lo hizo en forma extraoficial, sin una nota introductoria. La Presidente ordenó devolver a la Iglesia Católica las hojas firmadas por los represores, también sin nota introductoria ni comentarios. Sólo responderá si el Episcopado asume en forma explícita la responsabilidad de la gestión que realizó con sigilo. Nunca antes un gobierno argentino había practicado un deslinde tan estricto de competencias: ni interviene en las cuestiones del culto ni admite ingerencias en asuntos que hacen a la soberanía popular.