Uno de los capítulos de Manos unidas está dedicado al enorme misterio de quién y por qué le cortaron las manos al cuerpo de Juan Domingo Perón.

El director, Roly Santos, convocó a Claudio Negrete, un estudioso del tema, que escribió uno de los libros más sólidos sobre la profanación. Su hipótesis es la que se sostiene en la causa judicial que llevó adelante el juez, fallecido en extrañas circunstancias, Jaime Far Suau. El magistrado consideraba que en 1987, en plena etapa electoral, hombres de los servicios de inteligencia, con el visto bueno de dirigentes del radicalismo, cortaron las manos del general para instalar la idea de que el peronismo era un partido asociado a la violencia y a acciones de este tipo. Se buscaba un efecto parecido al que tuvo la quema del ataúd por parte de Herminio Iglesias en 1983.

Otra de las hipótesis tiene que ver con que Perón tenía una deuda con la masonería y que Licio Gelli, de la Logia P2, fue el artífice del sórdido corte, porque la masonería sostiene que un cuerpo sin manos no descansa en paz. El representante de Isabel Perón en la Argentina, Juan Gabriel Labaké, sostiene en el documental que cree en la versión de la masonería, pero considera que las cosas con Licio Gelli se habían arreglado. En cambio, había una deuda con la masonería británica, y Labaké cuenta que mantuvo algún contacto en ese sentido y cree que efectivamente la venganza vino de ese lado. En el capítulo interviene el sobrino nieto de Perón, Alejandro Rodríguez Perón, quien tiene el plan de restituir las manos, pero haciéndolas de arcilla. Aparentemente cuenta con el respaldo de la familia Péculo, dueña de la cochería que trató el cuerpo de Perón y también lo preparó en el traslado a San Vicente.