Durante un reportaje concedido a Radio del Plata, Carlotto afirmó que "la relación con la Iglesia argentina cambió y ahora es muy buena". Un día después del encuentro que mantuvo Angela 'Lita' Boitano, integrante de Familiares de Detenidos y Desaparecidos por Razones Políticas, con el jefe de la Iglesia Católica en Roma, en el cual Jorge Bergoglio le adelantó que “la Iglesia abrirá sus archivos y llevará a cabo una autocrítica del rol que tuvo durante la última dictadura cívico militar”, Carlotto precisó que "el procedimiento que se aplica ahora en el Vaticano es abrir los archivos sobre un caso determinado cuando existe un pedido de parte de la Justicia. Es un tema que se maneja con mucha prudencia”.