El gobierno de Alan García enfrenta dos escándalos de corrupción. Uno afecta a su primer vicepresidente, el almirante en retiro Luis Giampietri, y el otro, a su candidato a la alcaldía de Lima, el coronel de la policía en retiro Benedicto Jiménez.

Basándose en un informe de la Contraloría de la República, la fiscalía anticorrupción le ha abierto una investigación a Giampietri por su participación en la compra irregular de armamento en los años 1994 y 1995. Giampietri, entonces oficial de la Marina en actividad, presidió el Comité de Adquisiciones que, según el informe de la Contraloría, llevó adelante licitaciones irregulares para favorecer a algunas empresas vendedoras de armas. El informe habla de once licitaciones por un monto que supera los 20 millones de dólares. Sin embargo, Giampietri intervino en esos años en un total de 80 operaciones para comprar armamento y municiones. La Contraloría pedirá información para investigar las otras licitaciones que no fueron incluidas en su primer informe. Durante el gobierno de Fujimori la compra de armamento fue controlada personalmente por Vladimiro Montesinos, ex brazo derecho de Fujimori hoy en prisión, y se convirtió en una fuente de corrupción. Varios funcionarios de las empresas favorecidas por las licitaciones que dirigió Giampietri están en prisión o son prófugos de la Justicia acusados por haber sobrevaluado el armamento que vendían y pagado sobornos para adjudicarse contratos para vender armas. Giampietri, quien también tiene abierta una investigación judicial por la ejecución extrajudicial de más de cien presos durante un motín carcelario de miembros de Sendero Luminoso en 1986, se ha defendido alegando que actúo cumpliendo órdenes de Fujimori.

Por su parte, el ex coronel Jiménez, quien saltó a la fama por haber dirigido el grupo policial que capturó al líder de Sendero Luminoso Abimael Guzmán, reconoció haberse apropiado de unos 40 audios de diálogos entre Guzmán y el ex jefe de la policía y ex ministro del Interior general Antonio Ketín Vidal, luego de que se divulgó uno de esos audios en el que se escucha a Ketín Vidal aconsejando a Guzmán cómo salir bien parado en los interrogatorios. Jiménez también confesó que había usado esos audios para chantajear a Ketín Vidal y lograr mantenerse en la policía cuando éste intentó sacarlo más de una vez, pero, sin inmutarse, aseguró que no le veía nada de malo a esa conducta y se negó a entregar los audios a las autoridades.