En marzo de 2004 el juez Rodolfo Canicoba Corral declaró la inconstitucionalidad de los indultos en la causa del I Cuerpo de Ejército. Alcanzó a los militares Carlos Suárez Mason, Jorge Olivera Rovere, Juan Bautista Sasiaiñ, José Montes, Adolfo Sigwald y Andrés Ferrero, los últimos tres ya fallecidos. Un año más tarde, en marzo de 2005, el juez Sergio Torres se expidió en la causa de la Escuela de Mecánica de la Armada (ESMA): a Antonio Vañek y Julio Torti se les quitó el beneficio del que gozaban. Finalmente hace diez días, el juez Norberto Oyarbide también declaró la nulidad en el caso del secuestro de los empresarios Federico y Miguel Gutheim: primero le llegó el turno a Albano Harguindeguy y a José Alfredo Martínez de Hoz. Dos días después a Jorge Rafael Videla. También en algunas provincias, como Santa Fe y Mendoza, fueron anulados los indultos.