El 6 de mayo de 2006 el secretario de Derechos Humanos, Eduardo Luis Duhalde, presentó contra el juez Pedro Federico Hooft una querella criminal por delitos de lesa humanidad. Luego adhirió la misma cartera provincial y se presentaron como querellantes los organismos de derechos humanos de la ciudad de Mar del Plata. Posteriormente, Duhalde elevó el pedido de juicio político –al que se sumaron organismos de derechos humanos– para que “caiga la barrera constitucional que hasta ahora impedía que fuera sometido a un proceso penal ordinario”. En marzo de este año, el Jurado de Enjuiciamientos de Magistrados y Funcionarios de la provincia, presidido por el presidente de la Suprema Corte bonaerense Juan Carlos Hitters e integrado por abogados y legisladores, votó a favor de la continuidad del jury contra Hooft. El juez está comprometido, entre otros hechos, en lo que se llamó La Noche de las Corbatas, uno de los operativos coordinados por distintas fuerzas de seguridad en el que un grupo de once abogados marplatenses que luchaban por los derechos de personas detenidas ilegalmente fueron secuestrados entre el 6 y el 13 de julio de 1977 y de los que siete fueron muertos o desaparecidos. Hooft había asumido como titular del Juzgado Penal N 3 del Departamento Judicial de Mar del Plata cuando recibió los pedidos de hábeas corpus por los detenidos. El único que no habría rechazado es el primero. También se lo acusa de haber realizado “visitas a centros clandestinos de detención habiendo omitido actuar”.