Harguindeguy fue citado por la desaparición de Carlos Esteban Alaye, hijo de la actual subsecretaria de Derechos Humanos de la municipalidad de La Plata, Adelina Dematti de Alaye.

Carlos Alaye fue secuestrado el 5 de mayo de 1977 en la ciudad de Ensenada por un grupo de tareas formado por militares y civiles de la Concentración Nacional Universitaria (CNU) de La Plata, dirigido desde el Batallón de Infantería de Marina 3 de Ensenada.

Posteriormente fue visto en el centro clandestino de detención conocido como "La Cacha" por varios testigos.

La Cámara Federal de Apelaciones de La Plata citó a Harguindeguy para el próximo 27 de febrero a las 13, según confirmó un comunicado de la Asamblea Permanente por los Derechos Humanos de La Plata (APDH), organismo querellante en el Juicio por la Verdad que desde septiembre de 1998 se sigue en La Plata.

La Prosecretaria General de la A.P.D.H. La Plata, Marta Vedio, expresó que "es difícil explicar por qué un hombre que ocupó un lugar tan importante en el aparato represivo como el Ministerio del Interior, permaneció tan tranquilo en libertad hasta hace pocos días".

"En la causa Plan Cóndor estaba excarcelado por el transcurso del tiempo máximo de detención preventiva, pero el juez Oyarbide deberá explicar por qué no lo detuvo cuando anuló su indulto en la causa Gutheim (el secuestro de los empresarios Federico y Miguel Ernesto Gutheim en 1976)", destacó Vedio.

La funcionaria agregó que "no tenemos dudas de que Harguindeguy deberá ser llamado a dar explicaciones por muchos delitos a los que no pudo ser ajeno en virtud de su situación estratégica en el gobierno de la dictadura".