Virgilio Hernández es asambleísta de la provincia de Pichincha por Alianza PAIS, y proviene de la organización Pachacutik, de cuya dirección se aparta junto a otros dirigentes para sumarse al proceso que encabeza Rafael Correa. Se encuentra vinculado desde hace treinta años al proceso de organización política de los movimientos sociales, en particular con organizaciones barriales y ciudadanas vinculadas con temas culturales, proceso que se conoció como la Coordinadora de Movimientos Sociales que confluye en la Conaie. Virgilio Hernández milita en Pachakutik desde su creación, en los procesos de coordinación que se crearon del ‘96 al ‘99 y posteriormente, hasta el 2003, como responsable de organización. Pero fue el triunfo de fuerzas étnico-conservadoras, que privilegiaban los espacios ganados para el movimiento indígena en lugar de este programa político de impugnación a las políticas económicas neoliberales y al modelo democrático que se había establecido, lo que marcó su ruptura definitiva. Se alejan con Hernández importantes sectores urbanos, entre los que se encuentra el actual alcalde de Quito, Augusto Barrera, las actuales ministras de Coordinación de la Política, Betty Tola [el 13 de agosto renunció al cargo] y la ministra de Inclusión Económica y Social, Doris Solíz. Conforman Alternativa Democrática, que resuelve apoyar en la segunda vuelta de 2006 a Rafael Correa. En el año 2007 se suman a la flamante Alianza PAIS. Virgilio Hernández es elegido asambleísta constituyente por la provincia de Pichincha y luego asambleísta nacional por el mismo distrito electoral. Desde el año 2009 es el presidente de la Comisión de Gobiernos Autónomos.