El juez federal Daniel Rafecas rechazó una querella que el ministro de Justicia, Alberto Iribarne, inició contra Alejandro Rúa, el ex titular de la Unidad AMIA del mismo ministerio, quien había dicho que desde la asunción de Iribarne se perdió impulso y faltaron avances en la intervención del ministerio en la causa por el atentado a la mutual judía. Rafecas sostuvo en su fallo que las opiniones de Rúa son críticas que no pueden tener sanción penal, porque sería como coartar la libertad de expresión. En la misma resolución el juez señala que Iribarne estaba en su derecho, como ministro y superior jerárquico de Rúa, de aceptar las propuestas de la Unidad AMIA o cambiarlas.

La querella de Iribarne contra Rúa fue una movida sorprendente, ya que implicó la primera querella de un funcionario del primer nivel del Gobierno contra otro funcionario, ubicado en un puesto delicado: la oficina encargada de impulsar la investigación del atentado contra la AMIA y las irregularidades cometidas en ese proceso. De hecho, según reconocen la mayoría de los familiares, Rúa fue de los funcionarios que mayor aporte realizaron a las causas relacionadas con el ataque.

El ministro querelló a Rúa por las siguientes frases, dichas en una entrevista realizada por el diario La Nación:

- “Cayó el impulso en la causa AMIA. Hubo un cambio de impulso con la gestión del actual ministro Iribarne. No un cambio de rumbo, sino una disminución en el avance del proceso que realizábamos”.

- “Tras la partida del anterior ministro, quien respaldó a esta unidad AMIA, advertí que mis propuestas no tienen el mismo apoyo con el actual ministro. Hubo desinteligencias en el trámite del juicio político al juez Claudio Bonadío”.

Iribarne desplazó a Rúa de su cargo y le inició la querella. El juez, al absolver a Rúa, cita el siguiente criterio: “Las críticas al ejercicio de la función pública no pueden ser sancionadas, aun cuando estén concebidas en términos cáusticos, vehementes, hirientes, excesivamente duros o irritantes”. Rafecas entonces entendió que Rúa tuvo una visión divergente de la del ministro y que, por lo tanto, se trató de un debate político “constitucionalmente tutelado como esencia del sistema democrático”. Con estos criterios, el juez sobreseyó a Rúa por inexistencia de delito.