En distintos lugares del país la resistencia al avance de las causas por los crímenes de lesa humanidad cometidos durante la dictadura militar se intensifica cuando involucra a personal eclesiástico o judicial. Esto incluye presiones sobre los magistrados que no se pliegan a esta estrategia. En Córdoba, la abogada de Abuelas de Plaza de Mayo y ex presa política María Teresa Sánchez se quejó ante el presidente de la Sala B de la Cámara Federal, Abel Sánchez Torres, por la lentitud y demora del juzgado federal 3 en la realización de pruebas que pueden perderse por el paso del tiempo. Mencionó la muerte de una monja de Cosquín, que “podría haber brindado información vital” de estas causas. La religiosa era pariente de la ex titular de ese juzgado, Cristina Garzón de Lascano. La abogada también reprochó la dilación en otra causa por apropiación de un bebé, que podría ser el nieto de Estela Carlotto. Sánchez Torres le preguntó al titular interino de ese juzgado, Alejandro Sánchez Freytes, cuántas causas llevaba por menores sustraídos y en qué estado se encontraban. Sánchez Freytes le respondió que no estaba al tanto y le indicó que hablara con la secretaria y la prosecretaria de derechos humanos del tribunal, Mirta Rubín y Soledad Mancini. Cuando lo hizo, escribieron que el camarista se había “interesado” en una causa. Sánchez Freytes ordenó incorporar copia de ese informe a cada expediente por derechos humanos, de modo que las partes ejercieran “los derechos que estimen oportunos”. De inmediato lo hizo la defensora de los ex generales Jorge Videla y Luciano Menéndez, Mercedes Crespi. Novia de un íntimo amigo de Sánchez Freytes, el fiscal general provincial Darío Vezzaro, Crespi recusó a Sánchez Torres. Los dos jueces Sánchez disintieron sobre la responsabilidad de la sagrada familia judicial. Sánchez Freytes sostuvo en la causa “Ceballos” que los magistrados no habían sido partícipes en crímenes de lesa humanidad. En la revisión de Cámara, Sánchez Torres opinó lo contrario. Ambos se cruzaron denuncias ante la comisión de disciplina y acusación del Consejo de la Magistratura.

En noviembre de 2010, al declarar ante el TOF 5 sobre el secuestro de los sacerdotes Orlando Yorio y Francisco Jalics, el ex provincial de la Compañía de Jesús y actual presidente del Episcopado Católico, Jorge Bergoglio manifestó que supo de la existencia de chicos apropiados después de terminada la dictadura. Pero el mes pasado, el Tribunal Oral Federal 6, que juzga el plan sistemático de apropiación de hijos de detenidos-desaparecidos, recibió documentos que indican que ya en 1979, Bergoglio estaba bien al tanto e intervino en un caso a solicitud del superior general, Pedro Arrupe. Los documentos fueron presentados por Estela de la Cuadra, cuya hermana Elena fue secuestrada en 1977, cuando atravesaba el quinto mes de embarazo. La familia tenía una antigua relación con Arrupe, quien ordenó a Bergoglio que se ocupara. Luego de escuchar el relato de los familiares, Bergoglio les entregó una carta para el obispo auxiliar de La Plata, Mario Picchi, pidiéndole que intercediera ante el gobierno militar. Picchi averiguó que Elena había dado a luz una nena, que fue regalada a otra familia. “La tiene un matrimonio bien y no hay vuelta atrás”, informó a la familia. La presidente del TOF 6, María Roqueta, aceptó que Bergoglio respondiera sobre esta contradicción por escrito, lo cual dificulta llegar a la verdad. Ésa es una prerrogativa que el Código de Procedimientos concede a los dignatarios eclesiásticos, pero que los jueces pueden reemplazar por una declaración en la residencia oficial del obispo, como había hecho el TOF 5. El mismo privilegio escritural invocó el ex obispo de San Isidro, Oscar Laguna, en la causa por el asesinato del ex obispo de San Nicolás, Carlos Ponce de León. Aún con esa ventaja, Laguna incurrió en inexactitudes por las cuales el fiscal Juan Patricio Murray lo acusó por falso testimonio. Laguna dijo que había administrado la diócesis de San Nicolás entre julio y diciembre de 1978. Esto le permitió eludir preguntas sobre hechos ocurridos cuando el nuncio Pío Laghi lo envió para ocupar en forma interina la diócesis vacante , en julio de 1977, a pocos días de la muerte de su titular. El juez Carlos Villafuerte Ruzo lo indagó por falso testimonio pero entendió que se trató de un inocente error material y lo sobreseyó. La Cámara Federal de Rosario revocó el sobreseimiento y el fiscal recibió testimonios de media docena de sacerdotes y laicos sobre el conocimiento que Laguna tuvo de las amenazas sufridas por Ponce de León y de la represión en San Nicolás, que en su declaración había dicho ignorar. También agregó documentos categóricos que probaban que Laguna estuvo presente en la Asamblea Plenaria del Episcopado de mayo de 1976 en la que Ponce informó sobre las amenazas que sufría y la situación represiva en su diócesis y que había hablado con el jefe militar de la zona sobre la tensa relación que mantenía con el obispo asesinado. El juez no tuvo más remedio que ampliar la indagatoria de Laguna, quien volvió a mentir: esta vez dijo que había sido miembro fundador del CELS, para presentarse como defensor de los derechos humanos, y que fue pocas veces a San Nicolás por ser el único administrador apostólico al que no se le había relevado de sus obligaciones como Obispo Auxiliar de otra diócesis. Cuando tanto el CELS como la Secretaría de Culto lo desmintieron, Murray volvió a pedir que lo procesaran y Villafuerte volvió a negarse. La fiscalía apeló y el 11 de agosto de 2010 la Cámara Federal de Rosario escuchó los argumentos de las partes en audiencia oral. El Código Procesal otorga al tribunal un máximo de cinco días para resolver. Casi un año después, ni la Cámara resolvió ni el Fiscal General Claudio Palacin se lo reclamó.