El último indicio de vida de Federico Báez fue en septiembre de 1976: le envió un disco de María Elena Walsh a su hijo Guillermo, de tres años. El chofer Héctor Gómez, que entre septiembre y diciembre estuvo secuestrado en La Cueva, el centro clandestino de la Base Aérea de Mar del Plata, declaró que vio allí a un empleado bancario llamado Federico a quien torturaban e interrogaban sobre la muerte del coronel Reyes. Federico le contó que había caído en Brandsen y que estuvo en un centro clandestino de La Plata. Una noche lo sacaron al baño, escuchó un disparo, y Federico no volvió. Durante el Juicio por la Verdad vio una foto de Báez y confirmó que era Federico. Las Fuerzas Armadas nunca entregaron su cuerpo.

Su mujer, Isabel Eckerl, fue detenida el 15 de julio de 1975. En la Unidad Regional la maltrataron, aunque peor le fue con la jueza Ana María Teodoris, que le exigió “nombres”. Eckerl irónicamente comenzó a nombrar miembros de la Concentración Nacional Universitaria, grupo de derecha que después de masacrar a militantes marplatenses en 1975 se integró a las Fuerzas Armadas tras el golpe de Estado. “Esos son amigos míos, no tuyos”, reaccionó Teodoris. En 1976 el fiscal Gustavo Demarchi, a quien recordaba como miembro de la CNU, pidió que la condenaran a 14 años por atentar contra la ley 20.840. Como agravantes invocó el “carácter antinacional” de Montoneros, por “despreciar las legítimas tradiciones patrias y tratar de violentar el ser nacional”. El juez la condenó a cuatro años de prisión, diez menos de los que pretendía el fiscal. La Cámara Federal la absolvió.